Sekolah Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar dirintis oleh (alm.) Pdt. Timothy Chandra, B. Th, M. Min; pada tahun 1967 dengan rnembuka Taman Kanak-Kanak (TK) dan Sekolah Dasar (SD). Pada tahun 1971 didirikan pula SMP Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar, yang semuanya berlokasi di dekat Gereja Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar, Jalan Merdeka No. 28 Pematangsiantar.

Melihat kebutuhan siswa tamatan SMP yang sulit mendapatkan SMA yang berkualitas secara akademis dan bernuansa kekristenan yang menekankan kedisiplinan belajar serta pembentukan karakter manusia seutuhnya , maka Badan Pengurus YKKI cabang Pematangsiantar dibawah pimpinan alm. Pdt Timothy Chandra, B.Th,M.Min bekerja keras untuk memulai jenjang SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar. Melalui berbagai kesulitan dan perjuangan yang gigih disertai doa yang tekun dan tidak berkeputusasaan, akhirnya Badan Pengurus YKKI cabang Pematangsiantar berketetapan hati serta seia-sekata untuk membangun gedung SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar. Untuk mewujudkan itu semua dimulailah pencarian dana guna membangun gedung SMA tersebut. Puji syukur kepada Tuhan Yang Pengasih dan Penyayang, doa dan usaha dari Badan Pengurus dikabulkan Tuhan sehingga dapat membeli sebidang tanah seluas 3.300 m2 pada tahun 1985 yang berlokasi di Jalan Pane No. 14 Pematangsiantar.

Melihat kebutuhan yang sangat mendesak dari peserta didik, maka pada tahun ajaran 1985/1986 dilaksanakanlah penerimaan siswa baru kelas 1 SMA sebanyak 85 orang dan Badan Pengurus mengangkat Bapak (aim.) C. Chandra Wangsa menjadi Kepala Sekolah tersebut. Proses belajar mengajar pun dimulai dengan memakai gedung sekolah di Jalan Merdeka No. 28 Pematangsiantar sampai selesainya pembangunan Gedung SMA di Jalan Pane Pematangsiantar.

Pada tanggal 17 Maret 1986 pembangunan gedung SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar dimulai di Jalan Pane ditandai dengan peletakan batu pertama oleh (aim.) Pdt. Timothy Chandra selaku ketua Badan Pengurus YKKI cabang Pematangsiantar . Acara tersebut didahului dengan melaksanakan kebaktian yang dihadiri oleh para guru, pelajar dan Lurah Kelurahan Karo Kecamatan Siantar Selatan Kota Pematangsiantar.

Pada tahun ajaran 1986/1987, para siswa kelas I dan II SMA sebanyak 162 orang dan guru sebanyak 24 orang telah dapat melakukan proses belajar mengajar di gedung baru SMA Kristen Kalam Kudus Jalan Pane No. 14 Pematangsiantar. Gedung tersebut begitu megah menurut ukuran Sumatera Utara pada saat itu.

Pada tanggal 16 Maret 1987 dilaksanakanlah upacara syukuran dan peresmian pemakaian gedung SMA Kristen Kalam Kudus, ditandai dengan penandatanganan prasasti oleh Walikota Pematangsiantar, Bapak Drs. Jabanten Damanik, Bapak Ketua Sinode Gereja Kristen Kalam Kudus Indonesia, Bapak Pdt. Dr. Peter Wongso dan Ketua Badan Pengurus Sekolah Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar, (aim.) Bapak Pdt. Timothy Chandra, B.Th, M.Min.

Pada tahun ajaran 1987/1988 SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar untuk pertama kali menamatkan siswanya melalui EBTANAS yang masih bergabung ke SMA Negeri 3 Pematangsiantar dengan jumlah peserta sebagai berikut:

Program A-1 (llmu Fisika)          = 10 siswa lulus 100 %

Program A-2 (llmu Biologi)         = 10 siswa lulus 90  %

Program A-3 (llmu Sosial)         = 60 siswa lulus 100 %

Di dalam EBTANAS tersebut memperoleh predikat nilai EBTANAS tertinggi untuk Sub Rayon 3 SMA di Pematangsiantar.

Mulai berdirinya SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar sampai bulan Juli 1990 yang menjadi kepada Sekolah adalah  Alm. Bapak C. Chandra Wangsa. Pada akhir tahun ajaran 1990 Bapak C. Chandra Wangsa menarik diri dari Kepala Sekolah, dan pada tahun ajaran 1990/1991 Bapak Pdt. Timothy Chandra berpulang ke pangkuan Allah di Sorga. Untuk menggantikan kekosongan tersebut, maka pada tanggal 1 Oktober 1991 Badan Pengurus Sekolah mengangkat Ibu Paulina Oscar menjadi Kepala Sekolah, yang sebelumnya Ibu Paulina Oscar adalah Kepala SMP Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar.

Sejak berdirinya SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar telah 6 kali diakreditasi oleh Tim Akreditasi dari Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Pengajaran Propinsi Sumatera Utara dan memperoleh predikat "DISAMAKAN". Akreditasi yang keenam meraih predikat PERINGKAT  :  A   ialah sesuai dengan Keputusan Sidang Badan Akreditasi Nasional Provinsi Sumatera Utara dengan No.536b/BAP-SM/PROVSU/LL/XII/2013, Tanggal 28 Desember 2013.

Pada tahun pelajaran 1988/1989 SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar telah dapat menyelenggarakan UN/US sendiri. Hingga saat ini tahun pelajaran 2014/2015 telah dua puluh delapan kali sebagai penyelenggara UN/US sendiri dan telah 28 kali menamatkan siswa yang terdiri dari 2 program, yaitu :

• Program IPA, jumlah 89 orang
• Program IPS, jumlah 66 orang

Untuk memenuhi tuntutan manajemen berbasis sekolah dan life skill maka pendidikan dan pengajaran di SMA Kalam Kudus mulai tahun pelajaran 2006/2007 telah memberi berbagai kegiatan intrakurikuler dan ekstrakurikuler yang dikemas dalam Sabtu ceria antara lain di bidang akademik seperti : club Sabtu ceria yang terdiri dari club olimpiade sains ( Fisika , Kimia , Biologi , MTK ) , di bidang sastra dan budaya terdiri dari club sastra Indonesia , sastra Inggris , seni budaya Tionghoa , di bidang kesenian terdiri dari club seni vokal , seni musik dan seni tari , seni rupa , pentas bakat siswa , bidang olahraga terdiri dari club wushu , karateka , badminton , basket , futsal , bola kaki , renang dan catur. Bidang IT terdiri dari club programmer , desain  dan robotik yang dibimbing oleh Instruktur Binus Center Medan .

Pada Tahun Pelajaran 2014 / 2015 prestasi yang dicapai siswa sangat mengembirakan yaitu :

• Jeffrey Panama berhasil Meraih Prestasi Internasional pada lomba Heroes Of Chinese Character Competition di Beijing ;
• Reinaldo Ignatius Wijaya berhasil meraih Juara I Olimpiade Sains Bidang Komputer tingkat Propinsi Sumatera Utara ;
• Tim debat Bahasa Inggris yaitu Petrus Stuart Miller Sirait,Claudia Natasya, Yosua dan Angely Kangstein berhasil meraih runner up Juara Debat dalam Bahasa Inggris tingkat propinsi antar pelajar SMA se- Sumatera Utara di Berastagi ;
• Jeffrey Panama Berhasil meraih Medali Perunggu pada perlombaan Olimpiade Sains Mata Pelajaran Kimia antar pelajar SMA se-Sumatera Utara SMA Methodist – 2 Medan ;
• Jesslyn Wijaya dan Susantary berhasil meraih medali perunggu pada perlombaan Olimpiade Sains Mata Pelajaran Kimia antar pelajar SMA se-Sumatera Utara SMA Methodist 2 Medan ;
• Dante Panggabean,Vincent Morgan Leonardo dan Jeffrey Panama berhasil meraih Juara III Lomba Debat Lingkungan Hidup tingkat kota Pematangsiantar ;
• Claudia Benedita Pardede berhasil meraih Juara II Lomba Vokal Solo Remaja Pesparawi tingkat kota Pematangsiantar ;
• Tim paduan suara berhasil meraih Juara I dan Juara Favorit Lomba Acapella Modern antar pelajar SMA tingkat kota Pematangsiantar ;
• Tim Futsal SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar meraih Juara II pada perlombaan Futsal antar pelajar SMA tingkat kota Pematangsiantar

Harapan kami semoga siswa tamatan Tahun Pelajaran 2014/2015 lebih berprestasi baik skala nasional maupun skala internasional. Semoga di masa-masa yang akan datang SMA Kristen Kalam Kudus Pematangsiantar dapat memberi sumbangsih yang signifikan bagi peningkatan mutu pendidikan di kota Pematangsiantar secara umum dan secara khusus membentuk generasi muda yang handal dalam bidang akademis, berbudi luhur dan berguna bagi Nusa dan Bangsa serta memuliakan Tuhan.